Pada tahun 1963, berdasarkan Surat Keputusan Menteri PTIP No. 19/1963, Fakultas Pertanian memisahkan diri dari Universitas Indonesia menjadi Institut Pertanian Bogor (IPB), dan disahkan berdasarkan Surat Keputusan Presiden No. 279/1965 tanggal 14 September 1965, yang terdiri atas Fakultas Pertanian dan Fakultas Kedokteran Hewan (FKH).
Sampai tahun 1981, Fakultas Pertanian mempunyai delapan departemen termasuk Departemen Agronomi. Sebagai implementasi Surat Keputusan (SK) Mendikbud RI No. 0174/0/1983 tentang Penataan Jurusan pada Fakultas di lingkungan Universitas/Institut Negeri yang dikukuhkan oleh SK Dirjen Dikti No. 137/DIKTI/Kep/1984 tanggal 22 Nopember 1984, mulai tahun 1984/1985, Fakultas Pertanian memiliki lima jurusan dengan sembilan Program Studi (PS) dimana Jurusan Budi Daya Pertanian (BDP) menggantikan nama Departemen Agronomi mengasuh tiga PS yaitu:
- PS Agronomi,
- PS Ilmu dan Teknologi Benih, dan
- PS Arsitektur Pertamanan.
Tahun 1981 dibuka Program Diploma Perkebunan (PLPT) bekerja sama dengan Departemen Pertanian. Sejak 1975, dibuka jenjang S2 dan S3 Ilmu Tanaman. Hingga awal tahun 2005, Jurusan BDP mengasuh 4 PS tingkat sarjana:
- PS Agronomi,
- PS Hortikultura,
- PS Pemuliaan dan Teknologi Benih, dan
- PS Arsitektur Pertamanan
Seiring dengan kebijakan IPB sebagai PT BHMN (PP 154/2000), IPB melakukan penataan departemen untuk meningkatkan efisiensi, efektifitas, dan relevansi.
Sejak 2006, Jurusan BDP diubah namanya menjadi Departemen Agronomi dan Hortikultura (AGH) dimana PS Agronomi, PS Hortikultura dan PS Pemuliaan dan Teknologi Benih dilebur menjadi satu Mayor Agronomi dan Hortikultura (AGH). PS Arsitektur Pertamanan berdiri sendiri sebagai Departemen Arsitektur Lanskap tetap di bawah Fakultas Pertanian.
Pada level S2/S3 terdapat 3 mayor, yaitu:
- Mayor Agronomi dan Hortikultura,
- Mayor Ilmu dan Teknologi Benih, dan
- Mayor Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman.